Zgodnie z ugruntowaną linią interpretacyjną przedsiębiorca posiadający kilka zezwoleń strefowych może prowadzić jedną ewidencję rachunkową w celu obliczenia dochodu z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy. Stanowisko to zostało potwierdzone m.in. w interpretacjach indywidulanych Dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z 13.12.2013 r. IPTPB3/423-367/13-3/MF oraz Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z 10.10.2013 r. IBPBI/2/423-829/13/JD.

Organy podatkowe wskazują ponadto, iż przedsiębiorca strefowy winien określić maksymalny dostępny poziom pomocy publicznej, wygenerowany przez wszystkie swoje wydatki kwalifikujące się do objęcia pomocą oraz porównać go z wielkością pomocy już otrzymanej w jakiejkolwiek formie. W konsekwencji, przedsiębiorca może objąć zwolnieniem dochód z działalności prowadzonej na terenie strefy w zakresie wynikającym z kilku zezwoleń.

Powyższe umożliwia wykorzystywanie limitu pomocy publicznej chronologicznie. Przedsiębiorca strefowy może w pierwszej kolejności rozliczyć limit pomocy wynikający z zezwolenia wydanego najwcześniej, a po jego wyczerpaniu lub wygaśnięciu limit z drugiego zezwolenia.

Powyższa korzystna wykładnia nie jest jednak już tak jednolita w przypadku, gdy podatnik posiada zezwolenia strefowe na działalność w różnych strefach ekonomicznych. W interpretacji indywidualnej z 18.11.2011 r. , Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach potwierdził, iż pomimo że działalność zwolniona prowadzona będzie przez spółkę jednocześnie na terenie dwóch stref ekonomicznych (Mielecka Specjalna Strefa Ekonomiczna [MSSE] oraz Katowicka Specjalna Strefa Ekonomiczna [KSSE]), na spółce ciążył będzie obowiązek odrębnego ewidencjonowania dochodu opodatkowanego (osiąganego poza zezwoleniami) oraz dochodu zwolnionego (osiąganego w ramach zezwoleń). Nie będzie natomiast konieczne wyodrębnianie dochodu osiąganego w ramach poszczególnych zezwoleń. Spółce będzie przysługiwało prawo do zwolnienia z opodatkowania dochodu w kwocie wynikającej z połączenia iloczynów dostępnej intensywności pomocy publicznej oraz wydatków kwalifikowanych dla poszczególnych zezwoleń, z uwzględnieniem dyskontowania. Obliczona zgodnie z powyższymi zasadami pula pomocy przysługująca firmie będzie konsumowana przez dochód wolny od podatku, osiągany w zakresie określonym w zezwoleniach.

Odmienne stanowisko zajął jednak Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach w interpretacji indywidualnej z 19.12.2014 r. sygn. IBPBI/1/423-84/14/KB , wskazując, iż zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej wydawane jest na wykonywanie ściśle określonej działalności na terenie wyłącznie jednej, konkretnej specjalnej strefy ekonomicznej. Dla każdej strefy odrębnie także ustalane są limity dopuszczalnej pomocy, tj. maksymalna intensywność udzielanej pomocy. W przypadku zatem prowadzenia działalności gospodarczej na terenie różnych specjalnych stref ekonomicznych przedsiębiorca powinien oceniać dopuszczalny limit korzystania z pomocy publicznej odrębnie w odniesieniu do każdej strefy, z uwzględnieniem limitu maksymalnej intensywności pomocy publicznej obowiązującego w województwie, na terenie którego strefa ta się znajduje, tj. w odniesieniu do dochodów uzyskiwanych z działalności prowadzonej na terenie danej strefy.

Mając na uwadze powyższe rozbieżności interpretacyjne, jeśli prowadzą Państwo działalność w różnych specjalnych strefach ekonomicznych., zalecamy wystąpienie do Ministra Finansów z wnioskiem o udzielenie indywidualnej interpretacji podatkowej. Nasi doradcy podatkowi chętnie pomogą przygotować taki wniosek. Ponadto w razie potrzeby w biurach Rödl & Partner: Gdańsk, Gliwice, Kraków, Poznań, Warszawa i Wrocław znajdziecie Państwo także fachowe doradztwo podatkowe oraz doradztwo prawne w obszarze Specjalnych Stref Ekonomicznych jak i w innych obszarach Państwa działalności.

Więcej informacji na temat Specjalnych Stref Ekonomicznych znajdziecie Państwo stronie internetowej Rödl & Partner („Warto wiedzieć” na www.roedl.com/pl  )